Até 1931, quando Cajamar era um distrito de Santana de Parnaíba chamado Água Fria, existia a Capela Santa Cruz onde hoje se encontra o bairro dos Pires. Essa capelinha foi demolida por ocasião da construção da linha férrea Pires, da Estrada de Ferro Perus-Pirapora.
Durante a Revolução Constitucionalista, em 1932, o Sr. Afonso Caramigo, morador de Água Fria, foi preso. Diante do futuro incerto, aquele homem fez um voto, uma promessa: se o conflito terminasse, ele construiria uma capela em honra de São Sebastião. Concluído o conflito em outubro daquele mesmo ano, Caramigo carregou uma cruz, de São Paulo a Água Fria, adoecendo no final de sua peregrinação. Confidenciou, então, seu voto.
Um grupo de católicos, dessa forma, resolveu construir a Capela São Sebastião. Foi erguida em terreno doado pelo Sr. Silvio de Campos, da fábrica de cimento, mas só passou para a propriedade da Mitra Arquidiocesana em 13 de dezembro de 1954, quando o Sr. José João Abdalla já se tinha tornado o dono da Companhia Brasileira de Cimento Portland Perus. Quem acompanhou essa tramitação foi o padre Anacleto de Oliveira.
A partir do segundo semestre de 1959, o padre Murilo Moutinho, SJ, que residia no Centro Santa Fé, em Perus, e os cônegos de Pirapora do Bom Jesus começaram a dar assistência espiritual ao povo que se reunia na Capela São Sebastião. Foram criadas associações como o Apostolado da Oração, as Filhas de Maria e a Congregação Mariana. Muitos casais também procuraram unir-se sacramentalmente. Surgiu, então, uma comunidade.
Em 20 de janeiro de 1962, foi criada a Paróquia São Sebastião, pertencente à arquidiocese de São Paulo. Dom Paulo Rolin Loureiro, bispo auxiliar na arquidiocese, confia a padre Moutinho a missão de vigário ecônomo, isto é, a figura que hoje é chamada de administrador paroquial. Sua principal missão era preparar a paróquia para a chegada do primeiro pároco: padre Hamilton José Bianchi.
Padre Bianchi, ao tomar posse da paróquia, assumiu também as lutas de seus paroquianos. Um mês após sua chegada, teve início a famosa greve dos “queixadas de Perus”, que durou sete anos, talvez a maior greve de que se tenha notícia na história. Em Cajamar, estavam as vilas operárias que acolhiam os trabalhadores da fábrica de cimento e das pedreiras do Sr. José João Abdalla, bem como as famílias desses operários. Insatisfeitos com as condições de trabalho, com o atraso dos salários e com o não cumprimento de acordos coletivos, pararam de trabalhar. Encontraram no pároco um grande apoiador de sua causa. Padre Bianchi, em suas homilias, falava, veementemente, da necessidade de uma verdadeira “reforma pacífica nas estruturas corrompidas”, conforme o registro que fez no livro de tombo da paróquia.
Prolongando-se o período da grave, padre Bianchi, com o assombro de seus superiores, chegou a emprestar o dinheiro da própria paróquia aos operários quando se intensificou a pressão contra os grevistas, que já não mais podiam comprar fiado. O sacerdote também pediu e recebeu ajuda de uma entidade católica norte-americana. Por fim, foi expulso da casa em que habitava, que era propriedade da Companhia de Cimento Perus. Um mutirão, formado por católicos e evangélicos, construiu, então, a casa paroquial. A presença solidária do pároco, naqueles anos difíceis, até hoje é lembrada pelos moradores mais antigos de Cajamar.
Pela Paróquia São Sebastião, de 1978 a 1981, também passaram as religiosas da Congregação das Irmãs Missionárias de Cristo, que muito contribuíram para ajudar o povo na caminhada de fé
Com o fim da Cimento Perus, a população de Cajamar passou a concentrar-se nos distritos do município: Jordanésia e Polvilho. Durante muitos anos, a sede administrativa da paróquia estava na Comunidade Santa Cruz, junto da qual também funcionou o núcleo de filosofia do Seminário Diocesano. Com a criação da Paróquia São Paulo Apóstolo, em 2009, sediada na Igreja Santa Cruz, a Igreja São Sebastião voltou, efetivamente, a desempenhar seu papel de matriz.
Fonte: Revista Comemorativa do Jubileu de Ouro da Diocese de Jundiaí (2017)